发酵过程将多糖分解成酸、气体（二氧化碳）或醇类物质（乙醇）.一般情况下,发酵分为四个阶段,这四个阶段不一定完全独立,分别是:制造生物细胞（活化细胞）、制造细胞外部代谢产物（化合物）、制造细胞内成分（蛋白质）、将原料（主要是碳水化合物）转变为生物制品.

  咖啡鲜果由外果皮（也称作果皮）包裹,当果实成熟时外皮变成红色或黄色.中果皮由果肉和黏液构成,胚乳由两个含有胚胎的豆子组成（胚芽）.每个豆子都被银皮（种皮或外胚乳）包裹,外面再裹上一层羊皮纸（内果皮）

  咖啡发酵的目的是,在咖啡去掉果肉后,去除掉粘附在羊皮纸上的黏液.处理过程采用咖啡原生微生物与咖啡表面充分接触.多种微生物如细菌、霉菌和酵母相互作用,将碳水化合物和多糖分解成醇.

  发酵最初定义为在酵母作用下,糖醇和二氧化碳发生的无氧反化学应.实验科学家Ibrahim Osama博士在2015年《发酵工程》杂志发表了一篇文章,在文章里他这样定义发酵,"微生物发酵:酶,代谢途径和发酵产物".之后这个概念有了延伸,由细菌、酵母、霉菌、动植物细胞等各种有机体,在有氧或无氧条件下,将有机物分解成多种类型分子的过程就叫做发酵.此外,发酵这个词也可以指,新化学产品开发过程中,在培养基中大量繁殖细菌的过程.

  咖啡处理有两种常见方法:干处理法,通常称为日晒,还有湿处理法,通常称为水洗.

  发酵在这两种处理方式中都会影响咖啡生豆的品质,当然还有最终的味道.

  湿处理法wet-processed coffees包含全水洗fully washed、果肉日晒pulped natural（也称作蜜处理honey）和半水洗semi-washed（也称作去果肉或机械法去果肉mechanically demucilaged）.巴西农学家Flàvio Meira Borém博士在他的《咖啡处理技术手册》中详细解释了这些处理方法.全水洗Fully washed就是先通过机械设备给咖啡去皮,再通过微生物发酵去除残余的果肉和黏液,之后拿去晾晒.日晒处理pulped natural就是通过机器除去果皮和部分果肉和黏液,之后将带有部分残余果肉和黏液的羊皮纸咖啡直接拿去晾晒.半水洗Semi-washed就是所有的果皮、果肉和黏液都通过机械设备去除.

  非常重要,也是需要特别注意的是,虽然Borém书中给出的定义是大家都普遍认可的,但与行业术语还有一些差异.

  采摘之后的处理

  在咖啡鲜果中,构成果肉的细胞壁和细胞内物质是影响发酵的主要因素.咖啡细胞之间空隙中填充的黏液主要是果胶.细胞里则包含了果胶、纤维、不溶于果胶的粘性物质、半纤维素、磷脂和半乳糖.

  了解咖啡中黏液的化学和物理特性对了解咖啡发酵非常重要.黏液有20-25%的液体基层,基层厚度一般是0.5-2毫米.这个基层由水分、糖分、果胶、综纤维素、脂肪和蛋白质构成.

  通常来讲,发酵的目的是要去掉,咖啡在除脱除果肉后,残留在羊皮纸上的黏液.溶解于中的黏液在羊皮纸上的吸附力极强,很难通过简单的水洗除去.这部分黏液只有通过发酵或依靠强力脱粘机强大的摩擦力才能够去除.

  此外还有几种处理方法,如常见的两种处理方法（这里指干处理法dry和湿处理法wet）、 咖啡鲜果在脱肉后进行的发酵方法,也被称作日晒发酵natural fermentation.这几种处理法各不尽相同.

  （需要解释一下,"日晒发酵natural fermentation"和"日晒处理法natural processing."不是一个概念."日晒发酵"指的是咖啡鲜果中的酶或由外界环境中获得的微生物,在日光作用下,将黏液去除的过程,这个过程可以在干处理法中的无水环境下进行,也可以浸泡在水中进行."日晒处理法"是指咖啡鲜果干燥的过程,不使用水,也不脱果皮、果肉和黏液.）